完整木马程序分为两个部分：服务器程序和控制器程序。

典型木马工作原理：当服务器端在目标计算机上被执行后，木马打开一个默认的端口进行监听，当客户机向服务器提出连接请求，服务器上相应程序自动运行来应答请求。服务端程序与客户端建立连接后，由客户端发出指令，服务器在计算机中执行这些指令，并将数据传送到客户端，以达到控制主机的目的。